Zabytkowy już dzisiaj młyn został wybudowany z początkiem XX wieku przez Ordynata hrabiego Maurycego Zamoyskiego, ojca ostatniego ordynata ~ senatora Jana Zamoyskiego. Młyn został kupiony od Ordynacji po I wojnie światowej przez dwóch mieszkańców Szczebrzeszyna :Jana Peretę i Eligiusza Drożdżyka. Koło młyńskie obracane wodą poruszało urządzenia w młynie, dzięki temu przemiał zboża był rekordowy, bo największy w ówczesnym województwie i jeden z większych w Polsce. Okoliczni rolnicy mełli zboże w tym młynie na własne potrzeby, młyn również skupował zboże i wytwarzał kilka rodzajów mąki wysokiej jakości, którą chętnie kupowali kupcy z całej Polski, a nieraz przyjeżdżali po nią kupcy z zagranicy. Na początku XX wieku młyn służył także mieszkańcom produkując nocą elektryczność do oświetlania miasta, trwało to do czasu gdy Szczebrzeszyn podłączono do krajowej sieci energetycznej (miało to miejsce pod koniec lat 30) sprawiając, że napędzany dotąd kołem młyńskim młyn mógł również być poruszany energią elektryczną. Podczas okupacji hitlerowskiej młynem zarządzali współwłaściciele : Eligiusz Drożdżyk i Aleksander Łysak (zięć Jana Perety). W latach pięćdziesiątych młyn przejmuje państwo i poprzez Urząd Miasta oddaje w dzierżawę Gminnej Spółdzielni ”Samopomoc Chłopska” w Szczebrzeszynie. Jeszcze w tym czasie funkcjonowała śluza i turbina wodna, która była alternatywą dla elektryczności. W roku 1978 młyn przerywa pracę na skutek zniszczenia śluzy i urządzeń młyńskich, które nie były konserwowane przez lata. Później w 1980 r. planowano w młynie urządzić hotel w związku z organizacją centralnych dożynek w Zamościu dla części gości, jednak pomysł upadł. Przedtem jednak wymontowano i złomowano wszystkie urządzenia z młyna, podczas demontażu zniszczono zabytkowe, rzeźbione w drewnie wyposażenie. Kolejnym pomysłem było utworzenie przez Przedsiębiorstwo Remontowe Przemysłu Drzewnego ”Alwa” w Brodach Małych ośrodka szkoleniowego z branży drzewnej, jednak PRPD również zrezygnowało z tej inwestycji. Zdewastowane budynki w 1983 roku zostały kupione od władz miasta przez Mieczysława Dubiela, który wyremontował młyn i zainstalował w nim nowe urządzenia. W 1985 r. młyn wznawia działalność. Po śmierci M.Dubiela w 1991 r. młyn przejmują jego wnukowie : Arkadiusz Gajosz i Jacek Dubiel, którzy wyposażyli go w najnowsze maszyny. W przylegającym do młyna od wschodu mniejszym budynku w latach 1956 ~ 1981 istniała tkalnia, wyrabiano w niej kilimy, chodniki i narzuty. Aktualnie w pomieszczeniach dawnej tkalni znajdują się mieszkania właścicieli młyna. Pierwotna elewacja młyna przetrwała nienaruszona do dziś.