Jest to kościół greckokatolicki pod wezwaniem Zaśnięcia i Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny. W XIV w. poprzez fundację Górków kościół zostaje odbudowywany po zniszczeniu przez pożar, który trawił miasto w 1583 roku. Powstanie tej budowli jak również jej przynależność do którejś z religii są niejasne. W 1596 roku po zawarciu Unii Brzeskiej pomiędzy kościołem prawosławnym, a rzymskokatolickim – pełni rolę kościoła unickiego (parafialnego). Andrzej Górka dał w 1588 r. przywilej na budowę cerkwi w Szczebrzeszynie, który w 1590 r. zostaje zatwierdzony przez Jana Czarnkowskiego i króla Michała Wiśniowieckiego w 1671 r. Fakt przywileju musi się odnosić do tego kościoła, ponieważ inna cerkiew w Szczebrzeszynie nie istnieje i prawdopodobnie nie istniała, dlatego można przypuszczać, że przywilej dotyczy kościoła unickiego (parafialnego), który podczas rusyfikacji Królestwa Polskiego w 1867 r. zostaje zamieniony na cerkiew prawosławną. Tajemnicze wydają się także liczby wskazujące na rok 1560 uwiecznione na żelaznych zabytkowych drzwiach tej świątyni, które w 1984 r. zostały zabrane przez konserwatora dzieł sztuki do Zamościa. W czasie I i II wojny światowej obiekt ponownie ulega zniszczeniu i dewastacji. Podczas prac rekonstrukcyjnych odkryto dwie warstwy ściennych malowideł : jedna z XVI w., która stanowi obramowanie glifów okiennych i absyd, druga zaś na ścianie północnej to

polichromia datowana na koniec XVII wieku i przedstawia scenę Apokalipsy według św. Jana. Inna polichromia widnieje na ścianie wschodniej oraz południowej i przedstawia scenę kuszenia Chrystusa. Poza wymienionymi rysunkami istnieją jeszcze inne, które powstały stosunkowo niedawno bo w XIX wieku. Do XIX w. cerkiew posiadała wieżę i dzwonnicę.

W 2006 roku zrujnowany budynek został przekazany przez starostwo powiatowe w Zamościu Polskiemu Autokefalicznemu Kościołowi Prawosławnemu. W latach 2008–2010 obiekt został gruntownie odrestaurowany. Podczas prac wzmocniono konstrukcję, położono tynki renowacyjne i wykonano ogrodzenie. Wewnątrz cerkwi odrestaurowane zostały m.in. XVII-wieczne malowidła ścienne.. Odtworzony został także

zniszczony w czasie I wojny światowej – ikonostas. Obecnie cerkiew w Szczebrzeszynie jest najstarszą świątynią prawosławną w Polsce. Zarządza nią Prawosławna diecezja lubelsko-chełmska.

Za kompleksowy remont cerkwi prawosławna diecezja lubelsko-chełmska została nagrodzona w 2011 roku “Laurem Konserwatorskim”. Nagroda jest przyznawana za najlepiej odnowione zabytki w regionie.

Cerkiew można zwiedzać. Klucze do niej znajdują się w punkcie informacji turystycznej (synagoga).

Zobacz filmik z wnętrza cerkwi podczas remontu w 2009 roku:

Filmik z poświęcenia cerkwi w 2010 roku: