Zabytkowym już dzisiaj miejscem jest także kirkut (cmentarz żydowski), który został wyznaczony przez Jana Czarnkowskiego ówczesnego właściciela Szczebrzeszyna w 1593 r. Kirkut został zdewastowany przez hitlerowców w czasie wojny, lecz mimo zniszczenia wielu nagrobków większość przetrwała i prawdopodobnie jest największym zbiorowiskiem macew nagrobnych na Lubelszczyźnie, albowiem przetrwało tu około 400 prostokątnych płyt nagrobnych zamkniętych daszkami lub półkoliście. Obecnie macewy nagrobne są poprzechylane, powalone lub zapadnięte w ziemi. Najstarsze płyty, na których można jeszcze odczytać inskrypcje pochodzą z XVII w., reszta nagrobków pochodzi z końca XIX w. i początków XX w. Na nagrobkach znajdują się różne płaskorzeźby i motywy zdobnicze charakteryzujące osoby pochowane w tych grobach oraz opisujące ich życie lub funkcje które wykonywali za życia. Na cmentarzu żydowskim osobno pochowane są kobiety a osobno mężczyźni. Kobiety grzebano w zachodniej części cmentarza, zaś mężczyzn we wschodniej jego części. W czasie II wojny światowej w 1942 r. na tym cmentarzu zwanym także przez miejscową ludność „okopiskiem” hitlerowcy dokonywali masowych egzekucji Żydów, których pochowano około 2300 osób w dwóch zbiorowych mogiłach, a około 930 Żydów wywieziono do obozu zagłady w Bełżcu. W 1991 r. na terenie cmentarza odsłonięto pomnik poświęcony pamięci Żydów Szczebrzeszyna i okolic, zamordowanych przez hitlerowców w czasie II wojny światowej. Obecnie na obszarze cmentarza rośnie wiele zabytkowych drzew, wśród których są pomniki przyrody.