W 1398 roku Dymitr z Goraja wzniósł kościół pod wezwaniem Św. Trójcy dla licznie przybywających do Szczebrzeszyna Franciszkanów. Według przekazów budynki były drewniane. Okres reformacji przerwał działalność klasztoru, a kompleks klasztorny uległ zniszczeniu. Klasztor w obecnym kształcie został zbudowany na początku XVII wieku. Odbudowę kościoła datuje się na lata 1610 ~ 1638. Ówcześnie klasztor stanowił całość, w której skład wchodziły : kościół Św. Trójcy, budynki z pokojami dla zakonników, a także budynki gospodarcze. Franciszkanie opuszczają klasztor w 1783 r. po tym fakcie teren klasztoru zajmują carskie koszary wojskowe, a w roku 1812 konwent franciszkański ulega kasacie. Później w budynkach klasztornych mieści się szpital, a kościół staje się jednocześnie kaplicą przyszpitalną. Opiekę nad kościołem i szpitalem powierzono siostrom Szarytkom, które po upadku powstania styczniowego ustępują miejsce prawosławnym mniszkom ”Krzyżankom” w czasie wzmożonej rusyfikacji Królestwa Polskiego zamieniając kościół w 1883 roku na cerkiew prawosławną. Szpital pozostał nadal w klasztorze. W 1845 r. szpital zostaje rozszerzony o dodatkowe sale szpitalne do czego przyczynia się Andrzej Zamoyski

(organizator zjazdów rolniczych posiadaczy ziemskich w Klemensowie) oraz zostaje otwarta przez ordynata hrabiego Zamoyskiego szkoła kształcąca personel medyczny i zaczyna Funkcjonuje schronisko dla ubogich starców i kalek. Powstaje również w 1879 r. działające przy szpitalu ambulatorium dla zgłaszających się chorych, gdzie bezpłatnie wydawano leki ludziom ubogim i samotnym. W 1915 r. podczas I wojny światowej tereny te zajmują wojska austriackie dwa lata później kościół rekoncyliowano pod wezwaniem św. Katarzyny i przywrócono wyznawcom religii rzymskokatolickiej. Podczas II wojny światowej kościół św. Katarzyny w 1940 r. hitlerowcy oddają nielicznym w Szczebrzeszynie wyznawcom prawosławia. Kościół powraca ponownie do katolików w 1944 roku, a więc po wyzwoleniu Szczebrzeszyna z rąk okupanta hitlerowskiego i pełni rolę kościoła szkolnego nazywanego przez miejscowych ”Klasztorem” św. Katarzyny.